Als eine fränkische Gründung um 500 tritt Gochsheim erstmals durch die Erwähnung in einem Schenkungsbrief an das Kloster Fulda etwa im Jahre 796 in das Licht der Geschichte. In den späteren Jahrhunderten waren die Abteien Theres und Ebrach, die Grafen von Henneberg und viele andere Adelsherren hier begütert. Besonderen Einfluß übte das 1127 gegründete Zisterzienserkloster Ebrach aus; von ihm übernahmen die Gochsheimer ihre Gartenkultur. Eine Pfarrei bestand schon sehr frühurkundlich wird sie 1130 und 1205 genannt.


Im ausgehenden Mittelalter wurde Gochsheim ein Freies Reichsdorf, von denen es im 14. Jahrhundert auf deutschen Boden noch über 100 gegeben hat. Ein wesentliches Merkmal dieser Reichsfreiheit war das Recht zur Ausübung der niederen Gerichtsbarkeit, die Freiheit von der Herrenfron, die Wahl von Pfarrer und Lehrer, ein Beitrag zur Ausrüstung des Reichsheeres. Eine erste diplomatische Spur des Freien Reichsdorfes Gochsheim ist 1234 aufgrund einer Klage des Bischofs Hermann von Würzburg an König Konrad IV. zu finden, der als Stellvertreter seines in Italien weilenden Vaters Kaiser Friedrich II. in Deutschland Hof hielt.

Am 16. April 1592 fand das spektakuläre Begräbnis des Herrn von Erthal, Würzburger Amtmann zu Mainberg, in der Kirche zu Gochsheim statt, das unabsehbare Folgen haben sollte. Nahm doch Fürstbischof Julius den entscheidenden Widerstand der Gochsheimer, den Herrn von Erthal durch den katholischen Pfarrer von Hausen bestatten zu lassen, zum willkommenen Anlaß, evtl. durch Beseitigung der Reichsfreiheit die Durchführung der Gegenreformation - deren eifriger Verfechter er war - anzustreben. Die daraus entstehenden erbitterten Feindseligkeiten fanden schließlich erst durch die Wirren des 30jährigen Krieges ein zwangsläufiges Ende. Durch diesen unseligen Krieg (1618-1648), der unermeßliches Elend mit sich brachte, verlor Gochsheim im Jahre 1635 seine politische und kirchliche Freiheit, die erst 1649 wieder zurückgewonnen werden konnte.

Aus diesem Anlaß wurde ein großes Friedensfest gefeiert. Noch heute findet alljährlich im Rahmen der Kirchweih jeweils am 1. Sonntag im September der historische "Plantanz" zur Erinnerung an das wichtige Ereignis statt. 1810 wurde Gochsheim nochmals vorübergehend aufgrund eines Pariser Staatsvertrages aus dem bayerischen Staatsverband entlassen. Aber bereits vier Jahre später, am 30. Juni 1814, gehörte es wieder zu Bayern. Das bedeutete den endgültigen Verlust der Reichsfreiheit, der durch Jahrhunderte zäh verteidigten politischen Selbständigkeit.